真德秀的理学思想基本上是祖述朱熹，他对朱熹极为推崇，尊之为“百代宗师”，并自谓对朱学“尝私涉而有所得”。朱熹在儒学中能够占居那样崇高的地位，除了其自身对儒学巨大贡献之外，也与真德秀和魏了翁等人的宣扬分不开。作为朱熹之后学，真德秀的主要任务在于振兴和发扬理学，在学术贡献上重在阐发运用，但缺乏建树。全祖望说：“魏鹤山、真西山两家学术虽同出于考亭，而鹤山识力横绝，……西山则依门傍户，不敢自出一头地，盖墨守之而已”。尽管如此，真德秀的学术思想仍然具有自己的特点。

　　他用了大半生的时间，积极鼓吹理学，关于理学方面的著述也很丰富，除《西山真文忠公文集》所收之外，其理学思想主要体现在《读书记》中。这部著作“以六经、《语》、《孟》之言为主”，分甲记、乙记、丙记、丁记四个部份，“甲记曰性命道德之理，学问知行之要，凡二十有七卷；乙记曰人君为治之本，人臣辅治之法，凡一十有二卷；丙记日经邦立国之制，临政治人之方。……丁记曰语默出处之道，辞岁取舍之宜。”（《后村先生大全集》）真德秀把这部书视为人君治国的理论依据，他十分自信地说：“如有用我，执此以往”，又曰：“他日得达乙览，死无憾矣。”《读书记·乙记》，上编是《大学衍义》，他在朝作缠经待读的时候，特将《大学行义》进呈理宗皇帝，并逐章逐句向理宗进行了讲解和发挥。希望通过这个办法去指导最高统治者用理学思想治理国家。他在《大学行义自序》中说：

　　臣始读《大学》之书，见其自格物致如、诚意正心、修身齐家至于治国平天下，其本末有序，其先后有伦。益尝抚卷三叹曰：为人君者不可以不知《大学》，为人臣者，不可以不知《大学》。为人君而不知《大学》，无以尽正君之法。即又参观在昔帝王之治，未有不本之身而达之天下者，然后知此书之陈，实百圣传心之要典，而非孔氏之私言也。三代而下，此学失传，其书虽存，概以传记目之而已，求治者既莫之或考，言治道亦不以望其君。独唐韩愈、李翱尝举其说……盖自秦汉以后，尊信此书者惟愈及翱，而亦未知其为圣学之渊源，治道之根抵也，况其他乎？臣尝妄谓《大学》一书，君天下之律令格例也，本之则必治，违之则必乱。”

　　这里《大学行义》于皇帝，其大旨在于正君心、振纲纪，明治道，肃宫闱、抑权幸。在真德秀的诱导下，感动了理宗皇帝，此书深为理宗所称赞，说《行义》一书“备人君之轨范焉。”《大学衍义》也为后世帝王所重视，元武宗说：“治天下，此一书足矣”，明太祖“尝问以帝王之学何书为要，宋濂举《大学行义》，乃命大书揭之殿两壁。真德秀的理学思想虽然十分丰富，但他上继程朱，不越其轨。

　　（一）“德性天与”和“顺天应人”思想

　　真德秀认为，人与动物不同，其形体和秉性都是天地之所赋，但人之所以为人，其与禽兽之根本区别，在于他们不但在形体上有别于禽兽，更具有仁、义、礼、智的特性。

　　真德秀的天命思想中，虽然认为“天”能主宰万物，能为赏罚予夺，主要不是因为“天”是人格之神，而是认为“天”本身蕴含着秩序万物的“理”，这个“理”能够发挥出人格神的作用：“福善祸淫，不少差忒”，就是说，它能够报善以福，报淫以祸，在真德秀看来，人类社会的秩序（即纲常名教）就是“天理”所在。他将程朱的理学同董仲舒的“天人感应”论结合在一起，把理学涂上了神秘主义的色彩，这在当时的政治情况下虽然具有一定的现实意义，但从理论思维上看，却是一种倒退。

　　（二）“即器求理”与“持敬”相结合的涵养论

　　程朱理学历来强调把认识论同道德修养论相结合。真德秀根据这种“穷理持敬”的思想，主张”穷理”与“持敬”相辅而行。他说：“欲穷理而不知持敬以养心，则思虑纷坛，精神昏乱，于义理必无所得。知以养心矣，而不知穷理，则此心虽清明虚静，又只是个空荡荡地物事，而无许多义理以为之主，其于应事接物，必不能皆当。”

　　人亦是物，求人理要从人本身的“良知”出发，结合对“洒扫应对”等人伦日用等事物的推究，就可以达到对“义理”的本质性认识，用以扩充心中之理，这就使“本然之知”升华到义理之极至了。由此可见，所谓“就事物上推求义理之极至并非是探求客观事物的规律，而是要上人把封建伦理关系的理在认识论上从一般的人伦日用上升到“理”（或“道”）的高度，上升到一定而不可易和只能遵循而不可违反的“天理”的高度。

　　如何才能使“本然之知”上升为义理之知的高度？真德秀提出了“穷理”与“持敬”相辅而行的主张。何谓“持敬”？按真德秀的说法，敬就是外表端庄，整齐严肃，内心敬一，无二无杂，使外表的端庄严肃同内心的专一无杂相互交正。他说：“端庄主容貌而言，敬一主心而言，盖表里交正之义，合而言之，则敬而已矣。”

　　真德秀的“穷理持敬”思想是对二程思想的继承和发挥。二程说：“涵养须用敬，进学则在致知”，他在此基础上，进一步强调了认识论同道德论的统一性，强调把二者相结合、相辅而行。在理学思想上进一步强化了封建主义意识的知行统一观。

　　（三）“神者气之伸，鬼者气之屈”的泛神论思想

　　儒家学者历来有“神通设教”思想，孔子“敬鬼神而远之”是对鬼神之有无持存疑态度。在多数人相信但又没得到科学的确凿证实之前，采用这种态度对待鬼神，也是可以的。《易传·系辞》）谓“阴阳不测谓之神”，认为事物之变化是阴阳二气的神妙作用。人们对那些不能认识（不测）的阴阳变化就称之为“神”。“神”是神妙莫测的意思。比如对人的精神现象古人不能作出科学的解释，一般认为那是精气使然，人死后，精气散了，又归回到大气之中去了。张载道：“鬼神，二气之良能也。”真德秀说：“天之神曰神（以其造化神妙不可测也）地之神曰示（以其山川草木有形，显然示人也），人之神曰鬼（鬼谓气之己屈者也）。”这种解释已接近于朴素唯物论的观点。从这一观点出发，他进一步指出：“若以鬼神二字言之，则神者气之伸（发出），鬼者气之屈。……神者伸也，鬼者归也。且以人之身论之，生则日人，死者日鬼……自其生而言之，则自幼而壮，此气之伸也；自壮而老，自老而死，此又伸而屈也。自其死而言之，则鬼游魂降，寂无形兆，此气之屈也。及子孙享把以诚感之，则又能来格，此又屈而伸也。”这就道出了他的神道设教的思想。

　　真德秀用精气说来论证了他的形神观。他说：“《易·系辞》曰：精气为物，游魂为变。人之生也，精与气合而已。精者血之类，滋养一身者，故属阴。气是能知觉运动者，故属阳，二者合而为人。精即魄也，目之所以明，耳之所以聪者，即精之为也，此之谓魄气充乎体。凡人心之能思虑，有知识，身之能举动，与夫勇决敢为者即气之所为也，此之谓魄。……魂魄合则生，离则死。”用这种观点解释人之形神关系，其理论远不及范缜之精确，但它已与彻底的有神论产生了离异的倾向。